La fonte di un contagio da coronavirus potra’ essere individuata entro quattro ore grazie a una nuova forma ultrarapida di sequenziamento genomico sviluppata da ricercatori australiani. Gli scienziati dell’Istituto Garvan di ricerca medica di Sydney e dell’Istituto Kirby dell’Universita’ del New South Wales, hanno adattato una tecnologia esistente di sequenziamento per rintracciare piu’ rapidamente le infezioni e ora il metodo ultrarapido potra’ essere usato su scala nazionale. La tecnologia, conosciuta come nanopore sequencing, consente agli enti medici e sanitari di rintracciare rapidamente come sono collegati casi di infezione di SARS-CoV-2, e quindi di far scattare quarantene tempestive dei contatti ravvicinati e altre misure di mitigazione del rischio.
Nei congegni di sequenziamento nanopore, grandi quanto un telefono cellulare, vengono alimentate fibre di DNA tramite raffinati sensori che misurano le correnti elettriche. Il risultante segnale viene decodificato per fornire la specifica sequenza di DNA o RNA. Nei metodi correnti di sequenziamento genomico, detti ‘shotgun sequencing’ vengono lette fra 100 e 150 lettere genetiche alla volta, mentre le tecnologie nanopore non hanno limite alla lunghezza dei frammenti di DNA che possono essere sequenziati. Possono quindi determinare piu’ rapidamente la sequenza completa di un genoma virale.
Vi sono stati dubbi sull’accuratezza di tale sequenziamento genomico, ma gli studiosi australiani hanno pubblicato uno studio sottoposto a revisione paritaria e pubblicato su Nature Communications, che riporta i dati di valutazioni analitiche rigorose dei protocolli applicati per il sequenziamento del genoma del coronavirus. Lo studio fornisce inoltre linee guida sulle pratiche per promuovere l’adozione della tecnologia da parte di ospedali, laboratori di ricerche e altre unita’ di salute pubblica anche su scala globale. “Quando viene identificato un caso ‘misterioso’ di coronavirus i minuti contano”, scrive la responsabile del gruppo di tecnologie genomiche del Garvan Institute, Ira Deveson. “I congegni nanopore sono poco costosi e portatili. Richiedono solo un laptop e non le infrastrutture di laboratorio necessarie per gli strumenti genomici standard attualmente in uso”, aggiunge. La tecnologia nanopore e’ stata gia’ usata in passato da ricercatori in risposta all’insorgenza di Ebola in Africa occidentale.
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